黑锹小角（小林昭二 饰）率领的忍者军团行动失败，柳生鞘香（松尾嘉代 饰）带领其麾下的女子刺客军团继续追踪拜一刀父子的踪迹。阿波藩的蓝玉制造密法被幕府盗走，拜一刀（若山富三郎 饰）受聘刺杀盗走密法之人。

由于环境严重的污染，使得蝌蚪受到突变而成为黑多拉，并且造成极大的破坏，人类几乎束手无策，而哥吉拉也费尽了极大的心思跟他战斗，最后人类与哥斯拉一同战胜了黑多拉。